A devoção mariana deste Santuário iniciou no final do século XVI e se refere ao tempo em que a Virgem Maria, com o Menino Jesus nos braços, apareceu a um jovem com deformidade física que vendia leite pelas ruas. Para ele Nossa Senhora pediu leite para seu Filho e disse para o jovem ir a um homem rico da cidade para que ele financiasse a construção de uma capela. O jovem foi rapidamente e se viu completamente curado. A Virgem apareceu novamente um século depois para alguns marinheiros portugueses que a haviam invocado no mar tempestuoso. Para agradecê-la por salvar suas vidas, os marinheiros construíram uma igreja de tijolos ao invés da cabana de palha original. O resultado foi a igreja gótica de hoje, completamente branca, exceto pelo telhado feito de telhas vermelhas. Devido ao grande número de peregrinos que vêm à igreja todos os anos, o santuário de Vailankanni é chamado de “Lourdes do Oriente”.